In een andere wereld dan de onze, liggen vijanden in elke natie. Het verhaal begint als de legendarische Nine-tailed fox Konoha, een ninjadorp, aanvalt. Er worden veel onschuldige mensen vermoordt in deze aanval. Om de stad en haar mensen te redden, offerde de leider van Konoha zijn leven op om de Nine-tailed fox te verslaan. Hij zegelt de demon in een jongentje, Naruto Uzumaki genaamd. Naruto heeft zijn ouders verloren in de aanval en is een wees. Hij groeit op in Konoha, maar hij wordt heel erg slecht behandeld door de mensen daar. Hij is vastbesloten om de Hokage, de beste ninja van het dorp, te worden. Samen met zijn vrienden, zijn grote mond, zijn zorgeloze houding en hoop traint hij om steeds beter te worden. En hij verbaast zichzelf en iedereen ermee.

Naruto Shippuden is het vervolg op Naruto. Naruto keert terug van zijn 2 en een half jaar durende training van zijn meester. Hij is ouder en volwassener. Hij werkt samen met vrienden en zet zijn ambities voorop. Maar Naruto en zijn vrienden zullen het nu moeten opnemen tegen nog sterkere tegenstanders, de Akatsuki. 

Naruto: 220 episodes (einde)

Naruto Shippuden: 292 episodes (elke donderdag een nieuwe)